SIMAP (del inglés SImiliarity MAtrix of Proteins, o matriz de similitud de proteínas) es una base de datos de similitudes entre proteínas creada usando computación distribuida, y que es libremente accesible para propósitos científicos. SIMAP utiliza el algoritmo de FASTA para precalcular la similitud de las proteínas, mientras que otra aplicación utiliza modelos ocultos de Márkov para identificar dominios proteicos.
La base de datos ha sido completada, pero se actualizará para descubrimientos de nuevas proteínas.